尖锐湿疣的鉴别诊断十分重要，一旦有误诊对患者造成很大的精神伤害。尖锐湿疣常需与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病鉴别。

(1)生殖器部位癌边界不清，癌有明显的浸润，常形成溃疡，组织病理学检查可鉴别。

(2)扁平湿疣为梅毒二期皮疹，疣体较大，表扁平，略高出皮肤，边界清，质韧，潮湿，基底宽。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。

(3)假性湿疣又称女性绒毛状小阴唇，好发于青壮年。皮疹只局限分局在两侧小阴唇内侧面，表面为淡红色或红色绒状、鱼籽状、息肉状密集小丘疹，丘疹大小相近，触之有颗粒感及柔软感，表面潮湿，一般无自觉症状，或有轻度痒感。

(4)生殖器鲍温样丘疹病本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10mm。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。

(5)珍珠样丘疹病发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的一行或数行，半透明状小丘疹，呈球状、圆锥状或不规则状，色白或淡黄、淡红，无自觉症状。